В 1961 році він перейменований в Український НДІ туберкульозу і грудної хірургії імені академіка Ф.Г. Яновського, з 1965 року - у Київський НДІ туберкульозу і грудної хірургії імені академіка Ф.Г. Яновського. У 1972 році інститут був нагороджений орденом Трудового Червоного Прапора. У 1982 р. його перейменували в Київський ордена Трудового Червоного Прапора НДІ туберкульозу, пульмонології і грудній хірургії імені академіка Ф.Г. Яновського, у 1988 р. - у Київський ордена Трудового Червоного Прапора НДІ фтизіатрії і пульмонології імені академіка Ф.Г. Яновського, у 1992 р. - в Український НДІ фтизіатрії і пульмонології імені академіка Ф.Г. Яновського. Увесь цей час інститут підкорявся Міністерству охорони здоров'я України, а з вересня 1993 р. увійшов до складу Національної академії медичних наук (НАМН) України. 

Першим директором інституту з 1922 по 1925 рр. був лікар М. Єфремова, з 1925 по 1936 рр. - проф. А.И. Собкевич, з 1936 по 1940 рр. - проф. О.С. Мамолат. У роки війни інститутом тимчасово керували В.Л. Плющ (1940-1943 рр.), Ф.М. Дзюблик (1943-1944 рр.), П.С. Морозовський (1944-1946 рр.). Після війни керувати інститутом знову був призначений професор О.С. Мамолат (1946- 1979 рр.). У 1979-1985 рр. директором інституту працював професор В.Н. Молотків, у 1985-1991 рр. - професор О.М. Иванюта, а з 1991 р. і дотепер - лауреат Державної премії України, академік НАМН України, професор Ю.І. Фещенко. 

За роки існування інститут пройшов важкий шлях, зробивши вагомий внесок у розвиток і становлення медичної науки в нашій країні. Структура інституту змінювалася в залежності від основних напрямків наукових досліджень. Перша вакцинація проти туберкульозу в країні була здійснена співробітниками інституту в 1925 році, через 3 роки після його заснування, а вже в 1930 р. інститут брав участь у 7-й міжнародної конференції по боротьбі з туберкульозом, що проходила в Голландії. 

У 30-і роки інститут мав філії у Вінниці, Чернігові, наукові бази в Житомирі, Умані, Черкасах, якими керували Л.Я. Епштейн, В.Л. Плющ, Д.Я. Черкаський та ін. З огляду на значне поширення туберкульозу, у перші роки після заснування інституту, крім розробки питань клініки, лікування і мікробіології захворювання, вивчалися епідеміологія туберкульозу, шляхи його поширення, профілактика, алергія й імунітет, виконувалися й розроблялися колапсохірургічні втручання (професор М.М. Москальов, В.Х. Окзюсов, В.М. Савич). Діяльність інституту була перервана Великою Вітчизняною війною, оскільки його не встигли евакуювати. Після війни інститут знаходиться на Байковій горі, нині - вул М. Амосова, 10. У післявоєнні роки його діяльність була спрямована на подолання санітарних наслідків війни, профілактичні заходи і лікування хворих туберкульозом, велися дослідження щодо щеплення немовлят і дітей старших вікових груп (С.О. Томілін, Л.Д. Ульянов). З 1947 року в інституті почали вивчати методи специфічної терапії в експерименті (академік В.Г. Дроботько, Р.Й. Драбкіна), а потім і в клініці (професор М.А. Клебанов, доцент Б.П. Олександровський), розроблялися хірургічні втручання на каверні (П.І. Костромін, Г.Г. Горовенко). З того ж року розпочате поглиблене вивчання методів специфічної антибактеріальної терапії. Запропоновані й упроваджені високоефективні режими етіопатогенетичної терапії легеневого і позалегеневого туберкульозу, насамперед - туберкульозного менінгіту. 

З кінця 1952 р. інститут почав широко розвивати резекційну хірургію легень, спочатку при туберкульозі, а потім - при неспецифічних захворюваннях легень (НЗЛ) і пухлинах (академік М.М. Амосов, професор Г.Г. Горовенко, професор І.М. Сліпуха). Вони є одними з піонерів упровадження анестезіології і реаніматології у колишньому СРСР. З 1955 р. на базі інституту організована перша в країні кафедра торакальної хірургії, а згодом - й анестезіології. За кілька років було підготовлено близько 200 торакальних хірургів і 400 анестезіологів. 

З 1955 р. уперше в Україні в інституті під керівництвом професора М.М. Амосова розпочате хірургічне лікування хвороб серця. Тут розроблені й модифіковані ефективні методи корекції уроджених і придбаних пороків серця, розроблені нові оригінальні моделі апаратів штучного кровообігу, у 1958 р. цей апарат уперше застосований у хірургії серця. 

Вперше в Україні в інституті в 1961 р. застосована штучна нирка і розпочата розробка проблеми гемодіалізу. У 1963 р. уперше в колишньому СРСР проведене протезування мітрального клапана, розроблені антитромботичні протези серцевих клапанів. 

У 1970 р. уведений у дію новий операційний корпус інституту, де вперше в країні була проведена операція в барокамері. Починаючи з 1972 року в інституті впроваджені в практику селективна коронарографія й аорто-коронарное шунтування при лікуванні ішемічної хвороби серця. Подальшому розвитку кардіохірургії сприяло виділення зі складу інституту в 1982 році самостійного Інституту серцево-судинної хірургії, що нині також входить до складу НАМН України. 

На початку 80-х років інститут завершив будівництво багатопрофільної Республіканської клінічної лікарні для обслуговування працівників основних галузей народного господарства, на базі якої нині функціонує 2 наукових клінічних відділення інституту. 

Одночасно інститут продовжував працювати над проблемами туберкульозу і НЗЛ. Широко застосовувалися хірургічні лікування хворих при хворобах органів дихання (Г.Г. Горовенко, І.М. Сліпуха), кістково-суглобному (В.С. Куценок) і урогенитальному туберкульозі (Б.Я. Полонський), успішно працювали відділи туберкульозу шкіри й ока. 

З 70-х років інститут активно включився у наукову розробку проблем пульмонології, на практиці проводячи інтеграцію фтизіатрії з пульмонологією. 

У різні часи в інституті працювали і продовжують працювати 8 заслужених діячів науки і техніки (М.М. Амосов, Б.П. Ященко, Г.Г. Горовенко, О.С. Мамолат, Л.М. Сидаренко, Ю.І. Фещенко, К.Ф. Чернушенко, В.М. Мельник), 3 лауреата Державної премії України (Ю.І. Фещенко, В.М. Мельник, Б.В. Радионов). У різні періоди часу науковою діяльністю в інституті займалися видатні вчені - академіки Ф.Г. Яновський, Б.О. Василенко, В.І. Дроботько, М.М. Сиротинін, М.М.Амосов, професори М.К. Даль, Р.Й. Драбкина, О.Г. Губанов, В.Ф. Юр'єва, Б.П. Олександровський, Т.П. Кучеренко, М.М. Горєв, Б.Г. Вейнеров, М.Я. Мень, С.Я. Хом'як, Г.Г. Горовенко, І.М. Сліпуха, С.А. Кшановський. Вони внесли значний вклад у розвиток української фтизіопульмонології. 

Сьогодні інститут - єдина головна науково-дослідна установа в Україні, що займається різнобічними науковими, науково-дослідними й організаційно-методичними аспектами удосконалення фтизіатричної і пульмонологічної допомоги населенню і має унікальне оснащення і висококваліфікований кадровий потенціал.

В інституті працюють понад 700 співробітників, серед них - 1 академік НАМН України, 1 член-кореспондент НАМН України, 25 докторів і понад 75 кандидатів наук.

Співробітники інституту тепер виконують 16 науково-дослідних робіт. 

Інститут має добре оснащену клінічну базу на 505 ліжок, що дозволяє здійснювати лікування понад 3 тис. хворих на рік, виконувати понад 300 хірургічних утручань, у тому числі дуже складних реконструктивно-відбудовних. У поліклінічному відділенні інституту щорічно одержують висококваліфіковану консультативну допомогу понад 15 тис. хворих туберкульозом, неспецифічними й онкологічними захворюваннями легень. В 2016 році робота клінічної бази інституту була повністю автоматизована.

Інститут є головною установою країни за своїм профілем. Тут розташована кафедра туберкульозу та пульмонології Національної медичної академії післядипломної освіти ім. П.Л. Шупика МОЗ України, функціонують Республіканський пульмонологічний центр для дорослих і Республіканський центр алергічних захворювань легень. 

У різний час загальні наукові розробки проводилися й проводяться з разом фахівцями Чехословаччини, Угорщини, Німеччини, США, Франції й ін. 

За роки існування інституту його співробітниками реалізований ряд пріоритетних наукових програм, що мають важливе значення в області теоретичної і практичної медицини. Уперше створене новий науковий напрямок щодо вивчення імунітету й алергії при хворобах органів дихання. Вивчено механізми придбаного протитуберкульозного імунітету і його взаємозв'язок із поствакцинальною й інфекційною алергією. Досліджено мінливість мікобактерій туберкульозу і запропоновані оптимальне їх типирування і вивчення медикаментозної стійкості. Розроблено нові живильні середовища для вирощування мікобактерій. Значний внесок учені інституту внесли у розробку прогресивних організаційних форм і методів боротьби з туберкульозом. Створено оптимальну систему виявлення, діагностики і диспансеризації хворих туберкульозом і НЗЛ. Здійснено профілювання туберкульозних лікарень. Вперше в країні організовані "базові" стаціонари для уперше виявлених хворих деструктивним туберкульозом легень, що дозволило протягом 10-12 років здійснити ефективний централізований контроль якості діагностики й лікування всіх контингентів хворих. В інституті закладені основи фтизіогеріартрії. Розроблено Національну програму протитуберкульозних заходів в Україні. Проводяться дослідження щодо епідеміології, профілактики, діагностики й лікування НЗЛ, у тому числі в умовах нинішньої екологічної обстановки. Уперше в країні розроблена система диспансеризації хворих НЗЛ. Розроблено й апробовані методи медичної кібернетики в пульмонології й фтизіатрії. На основі ЕОМ створені математичні моделі патогенезу, діагностики і лікування НЗЛ, здійснюється прогнозування епідеміологічної ситуації щодо туберкульозі. Запропонована й успішно впроваджується в практику нова клінічна класифікація НЗЛ. Впроваджено інтенсивні методи етіотропної і патогенетичної протизапальної терапії, заснований новий напрямок у фтизіопульмонології - ендолімфатична терапія, що дозволила істотно поліпшити ефективність лікування і скоротити його терміни у хворих туберкульозом і гнійно-деструктивними процесами легень. Розробляються немедкаментозні методи лікування туберкульозу і НЗЛ (внутрішньосудинне лазерне й ультрафіолетове опромінення крові, мікрохвильова резонансна терапія і т.п.). В останні роки розроблені нові методи профілактики й лікування бронхіальної астми. Упроваджено різні сорбціонні методи терапії (гемосорбція, імуносорбція, плазмаферез, спленосорбція). Розроблено технологію амбулаторної допомоги хворим туберкульозом і НЗЛ в умовах денних стаціонарів. Розроблені й удосконалені різні варіанти колапсохірургічних втручань, резекції легень, хірургічних утручань безпосереднього впливу на основне патологічне вогнище в легенях. Розроблені нові види оригінальних первинних і повторних хірургічних утручань при туберкульозі, НЗЛ, емпіємі плеври. Вивчено особливості комплексного лікування хворих із супутніми захворюваннями, насамперед - із цукровим діабетом, ожирінням, дефіцитом маси тіла. Розроблено методи профілактики й лікування післяопераційних ускладнень, зокрема, інфекційних і тромбоемболічних. Розроблено наукові основи інтеграції фтизіатрії з пульмонологією, диференціальної діагностики захворювань легень, вивчені патофізиологічні механізми дихання і кровообігу, первинної легеневої гіпертензії, біохімічних й імунологічних порушень при легеневій патології й методи їхньої корекції. Розроблені апаратні засоби для фтизіопульмонології, торакальної хірургії, технології лікування бронхіальної астми. Розробляються ліпосомальні лікарські форми бронхолітичних і протитуберкульозних препаратів, а також протитуберкульозні препарати пролонгованої дії. В інституті створені й впроваджені в промислове виробництво нові лікарські препарати Ліпін і Теком. Розроблено новий метод ранньої скринінгової діагностики онкологічних захворювань, вивчаються механізми онкогенезу, впливу на органи дихання іонізуючого опромінення. З 1991 р. вивчається спадкова схильність до туберкульозу, значення генетичних факторів розвитку порушень гомеостазу і різних видів метаболізму, біотрансформації лікарських речовин в організмі. 

У сучасних умовах інститут працює за такими науковими напрямками: 

1. Профілактика, діагностика, диференціальна діагностика, консервативне й хірургічне лікування туберкульозу і НЗЛ. 

2. Епідеміологічні й організаційно-методичні проблеми фтизіопульмонології. 

3. Патофізіологія дихання і кровообігу, імунологічні, генетичні і біохімічні аспекти реактивності при туберкульозі і НЗЛ, створення нових лікарських засобів і медичної апаратури для фтизіатрії й пульмонології. 

За розробку оригінальних пропозицій за профілем діяльності інституту 8-ми співробітникам було присвоєне почесне звання Заслуженого діяча науки й техніки України, 3-м - Державна премія України, 2-м - премія НАН України ім. Яновського, 1-му - премія НАН України ім. Мечникова, одному - Заслуженого раціоналізатора України, 18 співробітників нагороджені дипломами і медалями. 

Науковцями і практичними лікарями інституту опубліковано понад 25 тис. наукових праць, у тому числі понад 100 монографій, посібників, довідників, багато з який витримали ряд перевидань, переведені і видані за кордоном. Вийшло друком понад 130 методичних рекомендацій і посібників, 180 інформаційних листів, понад 100 випусків 15-ти збірників наукових праць. 

Дослідження, проведені в інституті, підтверджені 120-ю авторськими свідоцтвами, 70-ю патентами і більш ніж 1200-ми раціоналізаторськими пропозиціями. Інститут має свій зареєстрований товарний знак. 

З 1975 року на базі інституту функціонує спеціалізована вчена рада за спеціальностями "фтизіатрія", "пульмонологія" і "клінічна імунологія" (з 2002 року - "клінічна алергологія"), у якій одержали науковий ступінь понад 60 докторів і понад 250 кандидатів медичних наук. 

При інституті функціонують курси стажування й інформації, на яких щорічно навчаються лікарі з усієї України. 

Інститут має наукову бібліотеку, укомплектовану більш ніж 50 тис. одиницями інформації, а також інформаційний, довідково-інформаційний і патентний фонди, створена електронна інформаційна база даних, функціонує власна локальна комп'ютерна мережа і серверний центр, інститут постійно листується з ВООЗ й іншими міжнародними неурядовими медичними організаціями з питань епідеміології, одержує інформацію про світові досягнення по проблемі у глобальній світовій мережі Іntеrnеt.

В 2007 році Указом Президента України інституту був наданий статус Національного.

З 2012 року офіційна назва інституту - Державна установа "Національний інститут фтизіатрії і пульмонології ім. Ф.Г. Яновського Національної академії медичних наук України" (НІФП НАМНУ).

В 2024 році інститут був реорганізований в Національний науковий центр фтизіатрії, пульмонології та алергології імені Ф.Г. Яновського Національної академії медичних наук України" (ННЦ ФПА НАМНУ).

Поточна редакція статуту ННЦ.

Фото: ННЦ ФПА НАМНУ сьогодні.